El Autor puede cargar los Archivos Suplementarios en el Paso 4 del Proceso de Envío. La intención de los Archivos Suplementarios es que incluyan conjuntos de datos de investigación, instrumentos de investigación, textos fuentes u otros materiales que en otros contextos conformarían un apéndice del envío pero que aquí pueden ser tratados como documentos separados que tienen valor por sus propios méritos. Además, el Autor indexará Archivos Suplementarios independientemente del envío, habilitando de esta manera los Archivos para que sean parte de un índice más largo y permitir que sean encontrados por aquellas personas que buscan este tipo de artículos.

Formatos de Archivos Suplementarios. Los Archivos Suplementarios también son cargados en su formato original — para los que no existen restricciones — y permanecerán en ese formato, a diferencia del resto del envío que debe estar en un formato estándar de manuscrito y que será transformado al formato de publicación estándar. Esto significa que los conjuntos de datos que están disponibles en las hojas de cálculo o en las demostraciones en flash pueden ser cargados y preservados en ese formato; esto puede ocasionar algunas dificultades para los lectores. Los Autores deben tomar esto en cuenta, una manera puede consistir en explicar en la descripción de los Archivos Suplementarios dónde se puede descargar un software libre para abrir y leer el Archivo Suplementario.