OJS está diseñado para ser un sistema de revistas múltiples, el Administrador del Sitio es responsable de realizar la configuración de los distintos niveles de la revista y de crear nuevas revistas que sean almacenadas en un solo sitio Web.. Los sitios de la revista son totalmente independientes, con excepción de las cuentas de usuarios; mientras que un usuario puede participar en cualquier combinación de roles y revistas, la misma dirección de correo electrónico y nombre de usuario se referirán al mismo usuario sin tener en cuenta la revista.

El Administrador del Sitio ingresa Información Básica que será aplicable a todas las revistas almacenadas por el sitio, incluyendo el título del sitio, su descripción y la información de contacto.

Redirección a una Revista. Esta configuración puede ser utilizada para asegurarse que todas las solicitudes sean redirigidas a una página Web de una revista en particular. Normalmente esta configuración se utiliza cuando un sitio almacena una sola revista.

Ya que OJS permite que se generen cualquier número de usuarios y distintas páginas Web de revistas, se pueden crear nuevas revistas y administrarlas en cualquier momento. Cada revista creada puede ser accedida por medio de un URL único basado en un camino ingresado por el Administrador del Sitio. Las revistas que están actualmente en el proceso de instalación y de configuración puede estar ocultas del sitio principal hasta que estén listas para ser activadas.

OJS está diseñado para ser un sistema multilingüe, permitiéndole a las revistas que provean la información en una gran variedad de idiomas en un solo sitio. El Administrador del Sitio puede especificar el idioma predeterminado en el sitio e instalar locales adicionales en la medida en que están listas, para hacerlos disponibles a otros idiomas para el uso de las revistas.

Los paquetes adicionales de idiomas normalmente están disponibles para ser descargados desde la página Web de Open Journal Systems en la medida en que se reciben las traducciones contribuidas por los usuarios del sistema. Estos paquetes pueden ser instalados dentro de un sistema de OJS existente para que estén disponibles para la revista.

OJS autentifica, por defecto, a los usuarios en contraposición con su base de datos interna. Sin embargo, es posible, usar otros métodos de autentificación como LDAP. Otras fuentes de autentificación adicionales son implementadas como plugins de OJS; refiérase a la documentación enviada con cada plugin para más detalles.